Tượng vũ nữ bằng đá thời Phù Nam, hiện đang trưng bày tại Bảo tàng An Giang.

Chu Đạt Quan, một sứ thần nhà Nguyên trên đường sang kinh đô Ăngkor vào khoảng tháng 7 năm Bính Thân (1296), đã miêu tả cảnh Thủy Chân Lạp trong sách Chân Lạp phong thổ ký như sau:

Từ chỗ vào Chân Bồ[40] trở đi, hầu hết là rừng thấp cây rậm. Sông dài cảng rộng, kéo dài mấy trăm dặm cổ thụ rậm rạp, mây leo um tùm, tiếng chim muông chen lẫn nhau ở trong đó. Đến nửa cảng mới thấy ruộng đồng rộng rãi, tuyệt không có một tấc cây. Nhìn xa chỉ thấy cây lúa rờn rờn mà thôi. Trâu rừng họp nhau thành từng đàn trăm ngàn con, tụ tập ở đấy. Lại có giồng đất đầy tre dài dằng dặc mấy trăm dặm. Loại tre đó, đốt có gai, măng rất đắng.[41]

Vì sao nền văn hoá đa sắc và rực rỡ này biến mất, hiện vẫn chưa có lời giải thích nào có tính thuyết phục cao. Tuy nhiên, một vài ý kiến sau đây đang được người quan tâm chú ý:

Bài Phế đô của vương quốc Phù Nam, đã đăng trên báo Tuổi Trẻ[42] nêu ba giả thuyết:

• Thứ nhất: do thiên tai (một trận hồng thủy). Nhưng theo nhiều nhà khoa học thế giới thì kỷ tan rã băng hà cuối cùng cách đây ít ra cũng đã 8.000 năm. Những trận động đất hay những cơn sóng thần cục bộ như xảy ra ở Nam Á vừa rồi khó có khả năng xóa được cả một vương quốc như Phù Nam.
• Thứ hai: do đại dịch bệnh. Nhưng qua các cuộc khai quật, thì thấy những bộ hài cốt cổ, không có dấu hiệu bị nhiễm dịch bệnh và đều được táng đàng hoàng trong mộ.
• Thứ ba: do những cuộc ngoại xâm tàn sát. Và nghi vấn ngoại bang ấy chính là người Java (Mã Lai). Nhưng thư tịch cổ không thấy ghi như thế và cũng chưa tìm được chứng cứ để xác định...

Tượng Phật gỗ thời Phù Nam (Bảo tàng An Giang).

Theo nhóm tác giả sách Lịch sử Campuchia, thì:

Vào khoảng giữa thế kỷ 6, nước Phù nam nhanh chóng bước vào thời kỳ tàn tạ. Nền văn minh Phù Nam cổ kính trước sau chỉ được nảy nở ở một số đô thị lớn tập trung dân cư, còn ở các vùng nông thôn rộng lớn thì cuộc sống ở đây không có ai quan tâm đến. Công tác thủy nông không được coi trọng nữa, khiến cho những vụ lũ lụt của sông Mê Kông gây những tai họa khủng khiếp cho các cánh đồng ruộng trũng, biến những vùng đồng bằng vốn phì nhiêu thành những vùng đồng lầy vô dụng ở miền hạ lưu sông Mê Kông; và làng mạc tiêu điều, cư dân xơ xác phải di cư đến những rẻo cao. Ngoài ra, việc Ruđravacman lên ngôi bất hợp pháp khiến xuất hiện nhiều nhóm phái chống đối, ly khai cát cứ thành những vùng độc lập. Để rồi, Phù Nam bị Chân Lạp chinh phục, và hợp nhất tạo thành quốc gia Khmer, mà Bhavaraman I có thể coi là người sáng lập.[43]

Trích ý kiến của Võ Sĩ Khải:

Những chuyển biến trong cơ cấu cư dân (Phù Nam), sự không thích ứng với những điều kiện chính trị, kinh tế và văn hóa dưới thời (lệ thuộc) Chân Lạp, tình trạng chiến tranh triền miên giữ Chân Lạp (trong đó có Phù Nam) trên địa bàn Nam Trung Bộ và Đông Nam Bộ, và những ảnh hưởng của các cuộc tấn công của đế quốc Nguyên Mông vào các nước Đông Nam Á vào thế kỷ 13 đã là "những nguyên nhân trực tiếp và gián tiếp đưa quá trình hoang hoá của vùng đất Gia Định và đồng bằng Nam Bộ nói chung". Các cộng đồng dân tộc bản địa (Phù Nam) sinh sống trên đồng bằng châu thổ từ nhiều thế kỷ đã từ từ rút về sống co thủ ở miền cao trong những điều kiện hoang sơ, chỉ giữ lại trong ký ức hình ảnh của biển cả và một thời "hoàng kim" mà ngày nay chỉ còn tìm lại được qua một số tập quán, trong huyền thoại và những truyền thuyết dân gian.[44]